تحلیل عاملی معمولا می تواند به دو روش تاییدی و اکتشافی انجام شود. انتخاب هر کدام از این دو روش، به هدف تحلیل داده ها بستگی دارد.
الف) تحلیل عاملی تاییدی
در تحلیل عاملی تاییدی (Confirmatory factor analysis)، سعی محقق در این است تا مدلی را تهیه کند که فرض آن استوار بودن داده های تجربی بر پایه چند پارامتر نسبتا اندک باشد و بتواند آن را توصیف، تبیین یا توجیه نماید. این مدل مبتنی بر اطلاعات پیش تجربی درباره ساختار داده هاست که می‌تواند به شکل:
۱) یک تئوری یا فرضیه
۲) یک طرح طبقه بندی کننده معین برای گویه‌ها یا پاره تستها در انطباق با ویژگی‌های عینی شکل و محتوا
۳)شرایط معلوم تجربی
و یا ۴) دانش حاصل از مطالعات قبلی درباره داده‌های وسیع باشد.
ب) تحلیل عاملی اکتشافی
در تحلیل اکتشافی (Exploratory factor analysis) محقق در تلاش است تا داده های تجربی را در جهت کشف و شناسایی شاخص ها و نیز روابط فی مابین آن ها بررسی نماید در حالی که این کار بدون تحمیل هیچ گونه مدلی بر داده ها انجام می گیرد. به عبارت دیگر، تحلیل عاملی اکتشافی علاوه بر آنکه ارزش تجسسی یا پیشنهادی دارد می‌تواند ساختارساز، مدل ساز یا فرضیه ساز باشد.
تحلیل اکتشافی وقتی به کار می‌رود که
پژوهشگر شواهد کافی قبلی و پیش تجربی برای تشکیل فرضیه درباره تعداد عامل‌های زیربنایی داده‌ها نداشته
و به واقع مایل باشد درباره تعیین تعداد یا ماهیت عامل‌هایی که همپراشی بین متغیرها را توجیه می‌کنند داده‌ها را بکاود.
بنابر این تحلیل عاملی اکتشافی بیشتر به عنوان یک روش تدوین و تولید تئوری و نه یک روش آزمون تئوری در نظر گرفته می‌شود.
توانشهای ذهنی نخستین ترستون، ساختار هوش گیلفورد نمونه‌های خوبی برای این مطلب می‌باشد.
اما هر چه دانش بیشتری درباره طبیعت اندازه گیری‌های روانی و اجتماعی به دست آید
ممکن است کمتر به عنوان یک ابزار مفید به کار رود و حتی ممکن است بازدارنده نیز باشد.
از سوی دیگر بیشتر مطالعات ممکن است تا حدی هم اکتشافی و هم تاییدی باشند
زیرا شامل متغیر معلوم و تعدادی متغیر مجهول‌اند.
متغیرهای معلوم را باید با دقت زیادی انتخاب کرد تا حتی الامکان درباره متغیرهای نامعلومی که استخراج می‌شود
اطلاعات بیشتری فراهم‌اید.
مطلوب آن است که فرضیه ای که از طریق روش‌های تحلیل اکتشافی تدوین می‌شود
از طریق قرار گرفتن در معرض روش‌های آماری دقیق‌تر تایید یا رد شود.
تحلیل عاملی اکتشافی نیازمند نمونه‌هایی با حجم بسیار زیاد می‌باشد.
تمایز مهم روش‌های تحلیل اکتشافی و تاییدی در این است که روش اکتشافی با صرفه‌ترین روش تبیین واریانس مشترک زیربنایی یک ماتریس همبستگی را مشخص می‌کند. در حالی که روش‌های تاییدی (آزمون فرضیه) تعیین می‌کنند که داده‌ها با یک ساختار عاملی معین (که در فرضیه آمده) هماهنگ اند یا نه.